ต่อมาบ้านหนองซ่งแย้ มีผู้คนอพยพ ไปอยู่มากขึ้น ในปี ค.ศ. 1909 ชาวบ้านปลูกกระต๊อบ ฝาขัด แตะเล็กๆ ใช้ประกอบพิธีทางศาสนา นับว่าเป็นจุดกำเนิดวัดซ่งแย้ หรือชื่ออย่าง เป็นทางการ เป็นภาษาละตินว่า วัดอัครเทวดามิคาแอล ตามชื่อนักบุญองค์สำคัญ เป็นภาษาอังกฤษคือโบสถ์ เซนต์ไมเคิล เป็นภาษาฝรั่งเศสคือ โบสถ์แซงต์ มิเชล โดยมีบาทหลวงเดชาแนล เป็นอธิการโบสถ์คนแรก และคนในบ้านหนองซ่งแย้ซึ่งล้วนแต่เป็นชาวไทยอีสาน ได้มาเข้ารีต ถือศาสนาคริสต์นิกายโรมันคาทอลิก เกือบทั้งหมด

หลังจากนั้น ได้มีการสร้างอาคารโบสถ์ใหม่หลายครั้ง โบสถ์ไม้เนื้อแข็งหลังปัจจุบันนี้ เป็นโบสถ์หลังที่ 4 วางแผนก่อสร้างปี ค.ศ. 1936 ชาวบ้านพากันรวบรวมไม้ ลงมือสร้างปี ค.ศ. 1947 ตัวโบสถ์รูปทรงที่สร้างขึ้นมีลักษณะแบบศิลปะไทย กว้าง 16 เมตร ยาว 57 เมตร จัดเป็นโบสถ์ไม้ที่ใหญ่ที่สุด ในประเทศไทย ใช้แผ่นไม้เป็นแป้นมุง หลังคา 80,000 แผ่น ใช้เสาขนาดต่างๆกันถึง 360 ต้น ส่วนใหญ่เป็นเสาไม้เต็ง เสาในแถวกลางมีขนาดใหญ่ยาวที่สุดมี 260 ต้น สูงจากพื้นดินกว่า 10 เมตร พื้นแผ่นกระดานเป็นไม้แดงและไม้ตะเคียนขนาดใหญ่ 

ม้านั่งไม้จุคนได้กว่าพันคน ระฆังโบสถ์มีเส้นผ่าศูนย์กลางเกือบ 2 ฟุต อยู่ในหอระฆังสูงที่สร้างแบบหอระฆังตามวัดไทยทั่วไป แต่แปลกตรงที่แยกต่างหากจากโบสถ์ และเนื่องจากไม้ที่ได้รวบรวมมามีจำนวนมาก จึงได้นำไม้ที่เหลือมาสร้างโรงเรียนบ้านซ่งแย้พิทยา

การเดินทาง จากยโสธรใช้ทางหลวงหมายเลข 2169 เลยอำเภอกุดชุมไปประมาณ 7-8 กิโลเมตร เลี้ยวซ้ายเข้าไปอีกราว 600 เมตร ถึงบริเวณโรงเรียนซ่งแย้พิทยาและโบสถ์ซึ่งอยู่บริเวณเดียวกัน